La Commissione europea rappresenta l'organo esecutivo dell'Unione. Essa ha mandato quinquennale ed è attualmente costituita da un componente per ogni Stato membro.

Il Presidente della Commissione viene eletto dal Parlamento a seguito della proposta avanzata dal Consiglio europeo, mentre la lista dei Commissari - adottata dal Consiglio di comune accordo con il nuovo Presidente - è soggetta a voto di approvazione del Parlamento europeo e nominata dal Consiglio europeo.

I Commissari sono tenuti ad agire in modo indipendente ed unicamente nell'interesse dell'Europa: come nel caso degli europarlamentari, essi non rappresentano il proprio Paese.

Alla Commissione spetta inoltre il potere di iniziativa legislativa: essa rappresenta cioè l'Istituzione che predispone gli atti legislativi da sottoporre poi a Parlamento europeo e Consiglio per la successiva approvazione.

 
Ciascun Commissario è responsabile di un determinato ambito politico ed è a capo di una o più direzioni generali. Per l'agricoltura e lo sviluppo rurale l'attuale commissario è il rumeno Dacian Cioloş.
 
L'attività della Commissione in questo comparto è molteplice: oltre ai compiti generali sopra accennati, essa coordina l'organizzazione comune per i diversi settori ed in particolare per quanto concerne pagamenti diretti, misure di mercato, sviluppo rurale, agricoltura biologica e qualità, ambiente, promozione, la relativa attività finanziaria, ed altro ancora.

Per quanto attiene l'esecuzione delle norme comunitarie, l'attività della Commissione si esplica nella presidenza e nel coordinamento dei Comitati agricoli in cui, sotto il controllo degli Stati membri, viene stabilita l'uniforme applicazione delle questioni demandate all'Esecutivo comunitario dal Legislatore europeo. In questo contesto il Ministero partecipa al fine di garantire il corretto esercizio, da parte della Commissione, delle attività di specifica competenza.

Dal 1° gennaio la Commissione europea concede ai cittadini, alle imprese e alle organizzazioni non governative almeno 12 settimane, e non più 8, per formulare osservazioni sulle nuove politiche e normative, agevolandone quindi, fin dalle prime fasi, la partecipazione alla definizione delle politiche dell'Unione. La Commissione ha inoltre istituito un servizio di segnalazione per le iniziative future. Le organizzazioni che si iscrivono al registro per la trasparenza usufruiranno di questo servizio di segnalazione ricevendo informazioni sulle roadmap riguardanti le nuove iniziative nei loro settori di interesse circa un anno prima dell'adozione.

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