Il Ministro si avvale dei Sottosegretari e degli Uffici di diretta collaborazione.
In piena autonomia, collabora alle attività del Ministero il Consiglio Nazionale dell'Agricoltura.
Il Ministero è articolato in:
- Dipartimento delle politiche europee e internazionali;
- Dipartimento delle politiche competitive del mondo rurale e della qualità;
- Dipartimento dell'Ispettorato centrale della tutela della qualità e repressione frodi dei prodotti agro-alimentari;
- Corpo Forestale dello Stato;
- Consiglio Nazionale dell'Agricoltura;
- Comando Carabinieri Politiche Agricole e Alimentari;
- Reparto Pesca Marittima del Corpo delle Capitanerie di Porto.

Il Dipartimento delle politiche europee e internazionali è strutturato in:
- ex Direzione generale delle politiche comunitarie e internazionali di mercato;
- ex Direzione generale per l’attuazione delle politiche comunitarie e internazionali di mercato;
- ex Direzione generale della pesca marittima e dell'acquacoltura;
- UFFICIO I (Coordinamento e controllo)

Il Dipartimento delle politiche competitive del mondo rurale e della qualità è strutturato in:
- ex Direzione generale sviluppo rurale, infrastrutture e servizi;
- ex Direzione generale sviluppo agroalimentare, qualità e tutela del consumatore;
- ex Direzione generale dei servizi amministrativi;
- DISER I (Funzioni di supporto)
- DISER II (Biblioteca Storica Nazionale dell'Agricoltura - Fondo Interbibliotecario Nazionale)