Il Ministro si avvale dei Sottosegretari e degli Uffici di diretta collaborazione.
In piena autonomia, collabora alle attività del Ministero il Consiglio Nazionale dell'Agricoltura.
Il Ministero è articolato in:
- Dipartimento delle politiche europee e internazionali
- Dipartimento delle politiche competitive del mondo rurale e della qualità
- Ispettorato centrale della tutela della qualità e repressione frodi dei prodotti agroalimentari
- Corpo Forestale dello Stato
- Consiglio Nazionale dell'Agricoltura
- Comando Carabinieri Politiche Agricole e Alimentari
- Reparto Pesca Marittima del Corpo delle Capitanerie di Porto

Il Dipartimento delle politiche europee e internazionali è strutturato in:
- Direzione generale delle politiche comunitarie e internazionali di mercato
- Direzione generale della pesca marittima e dell'acquacoltura
- DIPEI I (Funzioni di supporto al Capo Dipartimento)

Il Dipartimento delle politiche competitive del mondo rurale e della qualità è strutturato in:
- Direzione generale della competitività per lo sviluppo rurale
- Direzione generale dello sviluppo agroalimentare e della qualità
- Direzione generale dei servizi amministrativi
- DICOR I (Funzioni di supporto al Capo Dipartimento)
- DICOR II (Biblioteca Storica Nazionale dell'Agricoltura ed emeroteca - Fondo Interbibliotecario Nazionale)

L'Ispettorato centrale della tutela della qualità e repressione frodi dei prodotti agroalimentari è strutturato in:
- Direzione generale della vigilanza per la qualità e la tutela del consumatore
- Direzione generale della prevenzione e repressione frodi
- ICQRF I (Funzioni di supporto all’Ispettore Generale Capo)