Il Dipartimento si divide nei seguenti uffici dirigenziali di livello generale:

- Direzione generale della competitività per lo sviluppo rurale
- Direzione generale dello sviluppo agroalimentare e della qualità
- Direzione generale dei servizi amministrativi

Per le proprie attività di competenza si avvale inoltre dei seguenti uffici dirigenziali di livello non generale:

- DICOR I (Funzioni di supporto al Capo Dipartimento)
- DICOR II (Biblioteca Storica Nazionale dell'Agricoltura ed emeroteca - Fondo Interbibliotecario Nazionale dell'Agricoltura Italiana)